ホームページ制作を業者に発注した場合、完成したホームページの著作権は通常は発注したクライアントに帰属させることが多いと思います。
但し、制作の報酬を支払わないうちに著作権がクライアントに帰属するようでは、制作者にとって過酷となるので、報酬の支払いを終えたときに著作権がクライアントに帰属するようにするのがよいでしょう。これは契約書の著作権条項で定めることで対応できます。
(そうすれば、仮に制作報酬が支払われない場合に、著作権をクライアントに移転させないことで対抗することも検討できます。)
ホームページの著作権を契約によってクライアントに帰属させた場合でも、氏名表示権などの著作者人格権は制作業者に認められますが、その行使には不都合が生じる場合には、著作者人格権を行使しないように誓約する条項を設けて対応することも検討できます。
それから、ホームページのファイルを格納するWEBサーバーやインターネット・ドメインを制作業者が手配し、その所有権も制作業者が保有する形もよく見受けられます。
そうすると、ドメインやWEBサーバー・スペースの所有権は制作業者が持ち、ホームページ自体の著作権や所有権はクライアントが持つという構図になります。
そのような場合では、両者の関係が良好なうちは問題が生じませんが、クライアントが制作業者を変更する事態になったときには、ドメインやWEBサーバーの扱いで揉めてしまうことがあります。
そういうトラブルは後味が悪くなるため、契約書の作成時からドメインやWEBサーバースペースの変更についての定めを明示しておくべきでしょう。